本項では、開発を妨げる災害や怪獣に強い島を作るための方法について詳説する。
・森系の有効活用で火災を防ぎ、島の形や沿岸部の配置の工夫で津波が起きたときの被害を防ごう！
・農場や工場は早いうちに規模を大きくして災害に強くしよう！
・ミサイル基地を建てて軍事技術を上げて衛星を打ち上げ、広域災害から島を守ろう！
・人口を20万人未満に保って怪獣対策を整えよう！
・防災都市ランクAや戦艦による自動討伐、ミサイルや軍事衛星によるレーザーなどの攻撃手段を使い分けて怪獣と戦おう！
・都市部と労働施設などを隔離して二次被害を防ごう！
・整地・地ならしは結果を確認、卵が出たらすぐ整地してまた確認、整地からの記念碑建造は要注意！
災害対策は大きく分けて、地形配置による対策と人工衛星による対策に分かれる。
地形配置による対策はその多くが、災害の各対象地形を保護し被害を防ぐ対策である。
火災は各マス処理で毎ターン一定確率で都市系地形や発電所などが壊滅あるいは人口減少する災害であるが、
それら対象地形を最低1つの森、記念碑または風車（以下、森系）や防災都市に隣接させることで100%防げる。
したがって、最小の森系でより多くの都市などを火災から保護したい場合、森系を中心に周り1hexを都市などで囲んだ7マスの単位を隙間なく敷き詰めてゆくとよい。
森系や防災都市が周り1hexを火災から守れるのに対し、消防署および海底消防署は周り2hexを火災から守れる反面、自身が火災で壊滅する可能性があることに留意（要検証：消防署の火災の実績なし？）。
工場は一定規模以上になると大工場になり火災や地震の影響を受けなくなるので、最低9回建設して11万人規模の大工場にしておくとよい。箱庭諸島SEと異なり工場は規模にかかわらず火災で壊滅する。
森系はロケットを除き領土が0mi2であるので、地盤沈下を心配することなく多く配置できる。
台風は広域災害のひとつで、発生すると農場や砂浜などが飛ばされてなくなる災害であるが、
それら対象地形に隣接する森系の数が多いほど被害を受ける確率が下がり、周り1hexすべてを森系で覆った場合100%防げる。
従来の箱庭諸島では農場が台風の主な被害対象であったが、農場は一定規模以上になるとドーム農場になり台風・地震・津波の影響を受けなくなるので、最低9回整備して2.6万人規模のドーム農場にしておけば、森系で覆う必要はなくなる。
なお海の家・民宿・リゾートホテル（以下、海の家系）の収入を得るための砂浜は、他の砂浜や都市を配置するスペースの関係上、飛ばされたら整備し直すと割り切って森系で覆わないほうが得。
主な保護対象は養殖場や海上都市になるだろう。
津波は広域災害のひとつで、発生すると沿岸部の都市系や工場、発電所など多くの地形が壊滅する災害であるが、
それら対象地形に隣接する海、浅瀬、海底基地など海系地形の数が多ければ多いほど被害確率が上がり、隣接する海系地形が1箇所以下である場合は100%防げる。沿岸部に極力被害対象の地形を置かないことが主な対策となる。沿岸部に置いても津波の被害対象にならないのは未開発の荒地・平地や森系、山系（山および採掘場）、ドーム農場などである。
津波で特に注意が必要な対象地形はミサイル基地。貴重な経験値の貯まったミサイル基地は元の状態に戻すのに大変な時間とコストがかかる。火災や地震では崩壊しないので、是非とも内陸に配置するようにしたい。
埋め立てして島の領域を拡張していくとき、1マス分だけ沿岸を荒地のままにしておいて、内陸になったマスだけを整地して開発していくようにすれば、開発中の場所が津波で壊滅することを防げる。なお同じ合計マス数でも島の形によって沿岸部/内陸部のマスの比が大きく変わることに注意。あまり複雑な形にすると津波の影響を受けない内陸のマスが極端に少なくなってしまう恐れがある。
地震は非常に恐ろしい広域災害で、立地を問わず多くの対象地形が被害を受ける。
工場は大工場にしておく、都市をニュータウンや現代都市に変える（被害は受けるが壊滅しにくくなる）くらいのグレードアップによる対応以外に地形配置でできる対策は特にない。
地盤沈下は島の領土が149mi2以下に抑えられている限り絶対に起こらないが、ひとたび起こると海系地形に接するあらゆる地形が水没し海底都市などもなくなってしまう大災害となる。噴火や怪獣出現によって領土が急に増えることがあるため、安全のためには147mi2以下に抑えておくのが望ましい。
どうしても150mi2を超えて領土を拡張したい場合には、陸地の海系地形に接する部分をすべて山系に変えてしまうことで地盤沈下が発生しても被害を受けなくできる。とはいえ、山は噴火を除けば地形隆起弾によってしか作れないので、既存の陸地の海岸だけを都合よく山にすることはできず、地形隆起弾によって山の塊を作り、その内部を掘削して1から開発を始めるという形になる。運悪くメルトダウンや隕石で内部に海ができてしまうと次の地盤沈下で瞬く間に水域が広がるので、山に囲まれたいくつもの区画に分けて開発していく形になる。
地形配置では打つ手なし。
海賊船は船を持っていなければ出現しない。
攻撃対象の海底都市などを持っている状態で不用意に造船を行わない、もしくは（不確実ではあるが）戦艦を想定される海域に造船しておき自動的に討伐できるようにしておくという方法がある。ただし、戦艦はぞらすは攻撃してくれない。
海底都市などがある海域に海賊船やぞらすが出現できるただの海を残さず、一面を海底地形で埋め尽くすのもひとつの対策といえる。
なお海賊船やぞらすは領域の外周に出るとは限らないので、内海を造成して安全地帯として海底都市などを配置しているとき、いきなり内部に出現し思わぬ被害に遭う可能性がある。
人工衛星は、災害そのものが起こる確率を減らしてくれる。地形配置で予防ができない広域災害のリスク低減に有効。
気象衛星は火災と台風、観測衛星は地震と津波と噴火、迎撃衛星は隕石と巨大隕石の発生確率をそれぞれ下げてくれる。
迎撃衛星を打ち上げるのに最低限必要な軍事技術は100、ロケット数は2つである。軍事技術100を確保すれば気象衛星・観測衛星の打ち上げは必ず成功するので、まず軍事技術を100にすることを目標にミサイル基地建設を行っていくとよい。
ミサイル基地は1基あたりの軍事技術が建設時に3あるので、34基建設すれば軍事技術102に達する。この軍事技術102で迎撃衛星の打ち上げに成功する確率は16.2%、およそ1/6と決して高くないが、気長に挑戦を続ければ打ち上げられる。
収入が多い場合は海底基地で軍事技術を稼ぐのもよい。海底基地は建設費用が高額であり地震で崩壊するリスクもあるが、1基あたりの軍事技術は建設時には4と地上のミサイル基地より多く、また領土に加算されないという大きなメリットがある。
人工衛星による災害確率低減効果はそのENに比例するため、高い効果を保つためにはまめに人工衛星修復を行う必要がある。修復には打ち上げのときと異なりロケットは必要なく必要資金も種類にかかわらず一律5000億円のみなので、それほど大きな負担にはならない。
特に観測衛星のENは最低75%以上に保っておきたい。ENが75%以上である限り、地ならしを行っていないターンでの地震発生確率は0にできる。
怪獣は20万人以上の人口の島の都市系地形に突如出現し、地形を破壊しながら移動する。
怪獣が出現するようになるまでに、必ず備えをしておきたい。
怪獣がそもそも出ないようにするのが最大の怪獣対策といえる。
怪獣は、人口20万人未満の島には原則として自然発生しない。人口が20万人未満であっても、海の家などを活用すれば開発に必要な収入は十分に手に入るようになる。したがって、いずれ20万人以上にするとしても、人口を制限したまま十分な他の対策を行うようにしておきたい。
人口制限にあたっては置ける都市の数を考える必要がある。通常の都市だけなら10000人までしか人口が自然増加しないので19マスまで置けることになるが、防災都市ランクA（20000人）などを混ぜる場合はその数に応じて減らさねばならない。
20万人ギリギリを攻めるなら、存在すると都市の人口が自然増加限界以上に増加してしまう遊園地を置くのは危険。また、他島の怪獣退治のためにPPミサイルで援護射撃をする際に都市系を巻き込んでしまうと、難民が漂着して人口が増えてしまうことにも注意。
人口のすべてを海底都市・海上都市・防災都市に頼り、怪獣の出現可能地形（村～大都市、ニュータウン、現代都市）をなくしてしまえば20万人以上でも怪獣は出なくなる。
戦艦や防災都市を使えば、出てしまった怪獣を島の主が手を下すことなく討伐することができる。
戦艦は島に怪獣がいるとき、その怪獣がどこにいてもターンに1回多弾頭ミサイルを発射し、1ダメージを与える。
命中率100%で、複数保有しておけば体力の高い怪獣にもある程度対応できる優れモノ。
ただし、毎ターン1隻につき維持費500億円がかかる金食い虫であるうえに、怪獣が複数いればどの怪獣を狙うかわからないこと、かおくと♂やうおが♂のように瀕死になると自爆する怪獣を一気に仕留めきれない場合があることには注意。また船であるので海賊船が出現するリスクもある。
防災都市はランクAにすれば周り1hexにいるインベーダー以外の怪獣を一撃で仕留める能力を持つ。
怪獣が防災都市ランクAの隣に出現すれば次のターンには勝手に倒されている。被害を最小限に抑えて幅広い種類の怪獣を討伐できるのが強み。
ただし、防災都市は周り2hexへのミサイル攻撃を防衛してしまうので、防災都市からちょうど2マス離れたところにいる怪獣は当の防災都市から守られ、PPミサイルによる攻撃で倒せなくなってしまう。また防災都市がランクB以下である場合や怪獣がインベーダーだった場合は撃退できない上にミサイル防衛は働いて怪獣が守られてしまうので、かえって被害を拡大させることがあることに注意。また多数配置すると維持費がかさむことにも留意を。
出てしまった怪獣を自動討伐できない場合、計画をもって撃退することとなる。
最も古典的な攻撃手段。各ミサイル基地・海底基地のレベルの合計が1ターンに撃てる発射上限数となる。
悪天候の場合および電力不足の場合キャンセルされるので注意。1位の島が誤って攻撃される事故がたびたび起きているので、必ず計画送信後に目標の島を再確認しておくこと。
誤差は1hexで、目標地点とその周りの6マス、計7マスのいずれかの地点に等しく1/7の確率で着弾し、怪獣に当たれば1ダメージを与える。
硬化状態の怪獣にはダメージを与えられない。
出現した怪獣を1～2ターンで仕留めたければ、ひとまず想定される怪獣の体力の7倍の装弾数を確保するとよい。
巻き添えを最小限に抑えるため、他島への援護で発射するミサイルは原則としてこのPPミサイルのみにするべきである。
誤差は2hexで、目標地点とその周り6マス・さらに周りの12マス、計19マスのいずれかの地点に等しく1/19の確率で着弾し、怪獣に当たれば体力に関わらず硬化していようが一撃で倒せる。
ただし命中率が低く、広範囲を巻き添えにして海や山だらけにしてしまい、費用も一発500憶円と高いので、使用するシチュエーションは極めて限られる。
現在は機能していない模様。
軍事衛星かイレギュラーを持っていると、そのENを軍事衛星なら10、イレギュラーなら5消費して使うことができる。誤差がなく、目標地点を確実に荒地に変える非常に強力な攻撃手段。対象が海賊船でも荒地に変える。対象がぞらすである場合海になる。発射費用が20000憶円とべらぼうに高いが、インベーダーを倒すのに最適な攻撃手段である。1ターンに1回しか撃てない。電力不足の場合キャンセルされる。
怪獣の近くに防衛施設を建設し、同じ場所に追加建設または怪獣に踏ませることで周り2hexの地形もろとも怪獣を爆破する方法。ミサイルを撃つ能力がない島が増殖したかおくと♀など複数のターゲットをどうしても仕留めたい場合に使われる。
怪獣が出現する前に、怪獣が出現する都市系とその他の施設のある場所を怪獣が行き来できないよう隔離しておけば、怪獣が出現しても農場や労働施設を破壊されることによる食糧不足や失業者の暴動といった二次被害を防げる。
怪獣が進入できない地形は、海系、山系、記念碑。海を隔てて離れ島を作れば、一方の島が荒らされても他方に被害は及ばない。
地形を飛び越えて移動するイナッシュも対策しようとする場合は、進入できない地形2マス分を離して隔離する必要がある。
イナッシュ以外の怪獣も稀に飛び越えて移動することがあるので、イナッシュ以外の怪獣でも長期隔離の場合は同様に。
また怪獣が出現した後に怪獣から重要な施設を守りたいが倒す能力がない場合、あるいは何らかの理由で倒さずに置いておきたい場合も、掘削による隔離が有効となる。硬化するクジラ♀やおじーなど移動が遅い怪獣には特に効果的だが、足が速い怪獣にはあまり有効ではない。またダークいのらなど仲間を呼ぶ能力を持つ怪獣は、隔離しても人口を20万人以下にしない限り別の怪獣を呼ぶことによる被害が出続けるので、早急に倒すことが望ましい。
島あげますでは、卵による事故が特に多くみられる。どのような島でも整地・地ならしするとたまに発見される卵は、記念碑であると同時に怪獣の発生源でもある。卵は整地によって500000トンの食糧を得て平地にすることができるが、一度整地で処理したと思ったらその整地で新たな卵が発見されることすらある。
整地・地ならしの結果には細心の注意を払い、できる限りその計画は自分で確認・対応できる時間帯に設定しておくことが望ましい。
卵は毎ターン1%の確率で孵化し、怪獣が出現する。20万人以下の島でも卵の孵化による怪獣出現は防げない。出現する怪獣の種類は卵の種類のみに依存し、経過ターン数や人口には全く関係なく強力な怪獣が生まれる可能性があるため、怪獣対策のできていない島が発見してしまった場合は最優先で整地して処理すべきである。
また、運が悪いと卵が発見されたそのターンに孵化して事前に処理できないことすらある。自分で対処できない怪獣が卵から生まれた場合は、迷わずコメントに（必要に応じdisqusでも）SOSを入れて他島の援護射撃を仰ぎつつ、隔離を試みるのがよい。
卵は記念碑建造で任意の場所に設置可能なので、離れ島に設置し、生まれた怪獣の討伐による経験値稼ぎに利用することもできる。ただし仲間を呼ぶ怪獣には要注意。
卵は記念碑なので、卵のある場所に記念碑建造をすると記念碑落としが発動し、目標の島のランダムな位置に巨大隕石と同じ効果のとてつもないものが落ちる。
荒地などを整地してからその場所に記念碑を立てたい場合、連続したターンに整地と記念碑建造のコマンドを入れず、必ず整地の結果を見て卵ができていないことを確認してから記念碑建造のコマンドを入れるようにするとよい。地ならし直後の記念碑建造は自殺行為に等しい。